no entiendo bien lo que quieres.
¿pasar de CD a Bin/CUE para usarlo en el emulador? CDrwin 3.9k (es practicamente el dueño del formato) o Alcohol 120% te servirian
por que teniendo un Bin/CUE no hay mucho problema, el Girigiri Loader te facilita la configuracion y la carga del cue,
http://ggloader.emulation64.com/ (tambien creo que convertia ISO al emulador pero no estoy seguro), aun asi si tienes un CPU bastante actual y potente con soporte "SSE2" (P4 o AMD 64) seguro te interesa mas el emulador SSF, que aunque solo permite jugar desde CD (no se si leera bien desde un CDrom virtual como el del Alcohol120% o Daemon) deja al girigiri como el emulador obsoleto y abandonado que es.
si la cosa ya es pasar ISO+mp3 a CD salvo que tengas el original se toma por pirateo y las normas no permiten el tema.
de todas formas... no creo que el post este muy correcto en Hardware... en Juegos seria mas correcto.