Probablemente antes o después los hagan funcionar... Pero sí puede que sea algo de lo que dices. Los juegos de Atomiswave en Dreamcast por ejemplo los hay que funcionan bien con GD-Emu o MODE, pero no si los haces funcionar desde disco. Y es por la tasa de trasferencia de datos. En GD-Emu o MODE puede ser bastante superior al disco, y esos juegos lo necesitan porque en Atomiswave cargan desde rom, mucho más rápido que un disco optico. En el caso de Nintendo 64 no tienes el problema del disco, debería dar igual porque los datos van al mismo bus de igual manera, así que puede que sea algo más difícil.